Normalmente gli Stati membri e le iimprese beneficiarie sono liberi di contabilizzare gli aiuti di Stato concessi e ricevuti secondo la normativa interna dello Stato membro.

Il diritto dell'Unione europea prevede tuttavia norme per la contabilizzazione degli aiuti concessi alle controllate pubbliche: vedi Direttiva 2006/111/CE sui rapporti finanziari fra Stati membri e controllate pubbliche.

Più in generale, la contabilizzazione deve essere tale da consentire il controllo della Commissione sugli aiuti concessi: vedi comunicato stampa sul deferimento dell'Austria alla Corte di giustizia per la contabilizzazione non trasparente degli aiuti concessi al settore ferroviario.